食品无尘化车间如果有严重积水、渗漏等，很容易孳生虫害和霉菌而造成食品污染。所以供、排水设施非常重要。

食品无尘化车间供水管用不易生锈的管材，供水方向由清洁区向非清洁区流，且供水管路应尽量统一走向。为了不让冷凝水滴落到产品上，造成产品污染，冷水管不能从操作台上方通过。还应注意在水管适当的位置安装真空消除器以防止水管外不洁的水被虹吸和倒流入管路内。

食品无尘化车间排水沟除了表面需要用光滑，不渗水的材料铺砌，在施工时也要注意不能出现凹凸不平和裂缝，加上不生锈材料制成活动的蓖子。为保证车间排水的通畅，排水沟需要形成3%的倾斜度，排水的方向从清洁区向非清洁区方向排放。

另外，车间排水的地漏要有防固形物进入的措施，如果是畜禽加工厂，那么浸烫打毛间应采用明沟，以便于清除羽毛和污水。排水沟是车间与接排水管道系统的重要接口，连接着下水道。如果处理不好，很容易会有外部的害虫、老鼠等会从下水道通过地漏进入生产区域。所以排水沟的出口要有防鼠网罩，净化车间的地漏或排水沟的出口需要使用U 型，P型或者S 型等有存水弯的水封，以便防虫防臭。