PCR实验室应设计为负压洁净室，通过压差控制，使整个PCR实验过程中试剂和标本免受气溶胶的污染，并且降低扩增产物对人员和环境的污染。

PCR实验室各个实验室与非洁净区之间的闸间保持正压，＞10Pa，实验与闸间之间的气流组织方向为：试剂准备区空气流向闸间，标本制备区流向闸间，而PCR扩增区气流方向由闸间流向PCR扩增区，纯化区同理；

同时按照试剂单向流方向，PCR各个实验室之间设计不同压力梯度来实现单向气流组织方向，由试剂准备区（+20Pa）、标本制备区（+15Pa）、扩增反应一区（-5Pa）、纯化区（-10Pa）、扩增反应二区（-20Pa）、到后纯化区（-25Pa）压力逐渐降低，形成单向负压压力梯度。